Utvrđivanje stanja populacije mekousne pastrve

Utvrđivanje stanja populacije mekousne pastrve (Salmo obtusirostris) metodom ekološke DNA i vizualnog cenzusa.

Niti u jednom od dosadašnjih istraživanja – koja su znatno doprinijela utvrđivanju strukture i raznolikosti autohtone ihtiofaune Nacionalnog parka „Krka“, kao i brojnosti i prisutnosti stranih i prenesenih vrsta riba u slivu rijeke Krke – nije utvrđena prisutnost mekousne pastrve (Salmo obtusirostris), koja se navodi u starijoj literaturi. Cilj najnovijeg istraživanja bio je primijeniti novu metodu u istraživanju prisutnosti mekousne pastrve, uz pomoć tehnike ekološke DNA (eDNA) .

Kako bi se u uzorku eDNA, koji sadrži mješavinu DNA svih vrsta koje se mogu naći na određenom lokalitetu mogla detektirati mekousna pastrva, potrebno je pronaći specifične molekularne markere za tu vrstu. Uzorkovanje je obavljeno na više lokacija, i to primarno na mjestima koja se u literaturi navode kao mjesta obitavanja te vrste. Kako bi se povećao stupanj efikasnosti i preciznosti te metode, trebalo je uzeti uzorke mekousne pastrve, ali i drugih salmonidnih vrsta, kako u Krki tako i na drugim lokacijama gdje ta vrsta obitava, a to su rijeke Jadro, Žrnovnica i Vrljika. Uzorci trbušne peraje uzeti su od više vrsta riba: kalifornijske pastrve (Oncorhynchus mykiss), potočne ili dunavske pastrve (Salmo trutta ili S. labrax), primorske pastrve (Salmo farioides), Krkinog pijora (Phoxinus krkae) i mekousne pastrve (Salmo obtusirostris).

Sljedeći koraci bili su razvijanje specijalne metode za detekciju mekousne pastrve, pretraga podataka i banke gena, amplifikacija specifičnih molekularnih markera za tu i srodne vrste s istraživanog područja, bioinformatička analiza s ciljem utvrđivanja regije koja je specifična za traženu vrstu u odnosu na druge vrste i usporedba s mekousnom pastrvom iz rijeka Vrljika i Jadro. DNA je izolirana iz komadića peraja vrsta iz porodice Salmonidae prikupljenih u područjima Krke, Vrljike i Jadra u kojima obitava mekousna pastrva, koja je poslužila kao pozitivna kontrola. Na kraju je testirano djelovanje restrikcijskog enzima na odabrane molekularne markere u ciljanoj vrsti, kao i u drugim vrstama iz te porodice, kako bi se utvrdilo postoji li uočljiva razlika među njima. Tijekom pretraživanja pronađeno je nekoliko potencijalnih markera, no najboljim su se činili citokrom b, somatolaktin i laktat dehidrogenaza. Od tih markera, restrikcijskom digestijom somatolaktina moguće je detektirati prisutnost mekousne i razlikovati je od drugih vrsta porodice Salmonidae u području rijeke Krke u uzorcima eDNA.

Metodu eDNA markera preporučljivo je koristiti u kombinaciji s nekim drugim standardnim ihtiološkim metodama kao komplementaran način istraživanja ili monitoringa nekog područja i ribljih zajednica, bez invazivnog učinka ili prenaglašene selektivnosti. Kao nadopuna te metode, korištena je i metoda vizualnog cenzusa uz pomoć ronjenja i upotrebe podvodnog drona (ROV). Metoda vizualnog cenzusa pokazala se pogodnom za detekciju malih bentičkih vrsta uskog areala kretanja, kao što su glavoči ili babice, i pelagičkih riba koje formiraju plove i kreću se u vodenom stupcu. Za razliku od toga, pokazala se manje uspješnom u detekciji manje brojnih vrsta koje ne formiraju velike plove pa se često kod drugih ihtioloških metoda u uzorku pojavljuju pojedinačno.